在临床上，病毒性脑炎的诊断相当普遍，但是由于难以获得病原学证据，因此“病毒性脑炎”成为“垃圾筐”，把各种类似的疾病都装了进去。
最新从里面翻出来的无疑是“自身免疫性脑炎”。但是对于真正由病毒引起的脑炎，往往因为既无病原学结果，又无特异化验结果，从而被泛化，或者简单化。其实不同病毒，因为侵袭性和毒力不同引起的病变部位和形状也不相同，因此可以通过头颅影像学（MRI）进行鉴别。通常认为病毒性脑炎无特异性表现，且难以获得病原学证据。
(A)单纯疱疹脑炎：左颞叶（短空箭头）、岛叶（长箭头）和扣带回（箭头）水肿、异常信号，深部核团未累及.但占位效应导致左侧侧脑室和小脑幕受压;鉴别诊断包括胶质瘤、Rasmussen脑炎(往往局限于一侧半球),脓肿,,边缘叶脑炎和副肿瘤综合征。最后两种疾病无占位效应。.
(B)水痘-带状疱疹病毒：白质缺血/梗死更为常见(toparrow),尤其是灰白质交界部位(shortarrow),灰质较少累及(longarrow)但是可能有强化.鉴别诊断包括转移瘤、栓塞（心源性）和中枢神经系统血管炎。一般而言血管炎所致病变通常小一些，而且不出现在灰白质交界
(C)巨细胞病毒脑炎：侧脑室周围室管膜的强化.鉴别诊断包括带状疱疹室管膜炎、脓肿破裂、脑膜炎、分流术后、化疗及各种肿瘤的室管膜下播散（胶质瘤、松果体瘤、淋巴瘤）
(D)披膜病毒脑炎(togavirusencephalitis)：深部核团或结构受累:皮层下白质(toparrow),丘脑(middlearrow),和黑质(bottomarrow).本例为西尼罗河病毒所致脑炎，类似病变还见于其他披膜病毒脑炎(圣路易斯脑炎病毒,日本脑炎病毒及东西方马脑炎病毒)，偶尔也可见于CJD.
(E)HIV中枢神经系统感染：脑萎缩和弥漫性脑白质减少.鉴别诊断包括长期高血压、化疗和放疗,后三者中白质病变的范围往往超过脑萎缩
(F)JC病毒感染（进行性多灶性白质脑病）：典型的多灶或融合的皮层下白质非强化病变，也可累及皮层灰质。鉴别诊断包括中枢神经系统淋巴瘤、胶质瘤、播散性脑脊髓膜炎和结节病，如果完全局限在白质，需排除化疗和放疗
(G)病毒感染后急性播散性脑脊髓膜炎：皮层下白质病变(shortarrow)甚至包括U纤维(longarrow).
鉴别诊断还需要包括一些无特殊表现的病毒性脑炎，如一些非特异性表现，脑沟消失(H)(thinarrow),信号增强(I)(arrow)，均提示脑组织肿胀.上述病变见于肠病毒感染，但是也见于外伤和其他代谢性疾病。转自：神经感染和脑脊液
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